القبض عليه منذ الأول من تموز/ يوليو 2014 في منزله، واقتادته قوات الأمن للتحقيق معه.
وواجه حسين تهم الانضمام إلى جماعة إرهابية، والتحريض والتخطيط لتنفيذ ودعم وتمويل منظمات إرهابية، وذلك في القضية المعروفة إعلاميا بتحالف دعم الشرعية.
وحصل على إخلاء سبيل في قضية التحالف بتاريخ 16 آذار/ مارس 2016، ولم يغادر القسم نظرا لوجود حكم غيابي في قضية نشر تخص جريدة الشعب الموقوفة قبل صدور الحكم، ليحكم عليه بالسجن 5 سنوات وغرامة 20000 جنيه، إضافة إلى 20000 جنيه في قضية أخرى جرى تسديدها.
